По многолетним наблюдениям экологов на территории Копетдагского заповедника зафиксировано 37 видов пресмыкающихся, из которых глазчатый халцид, эльбурская ящерица, иранская кошачья змея, среднеазиатская гюрза и другие представлены в Красной книге Туркменистана (четвёртое издание 2024 года).

Календарь начала активности для рептилий начинается ранней весной с приходом стабильного тепла.Тогда отмечается их выход после спячки из нор на поверхность земли. Так, в апреле на участках Бакча и Гурыховдан среди зарослей полыни, густой травянистой растительности учёными было зафиксировано появление длинноногого сцинка – обычного вида для предгорья Центрального Копетдага. Об этом рассказывает на страницах газеты «Нейтральный Туркменистан» Акнабат Потаева, начальник научного отдела Копетдагского государственного природного заповедника.

Часто встречается также каспийский геккон - безобидный, интеллигентного поведения, миниатюрный, красивой расцветки обитатель самых различных ландшафтов.

В апреле экологи несколько раз отмечали так называемого желтопузика в нижнем поясе гор. Многие считают, что это безногая ящерица – змея, однако это не так, относится она к отряду ящериц. В народе её называют пыгамбер гамчысы (кнут Пророка), считая заговорённым объектом, который при встрече не следует притеснять или обижать.

В горной местности часто встречается кавказская агама, непуганые особи в мало посещаемой людьми местности не боятся человека, невозмутимо «позируют» перед фотокамерой.

На разных высотах обнаруживаются разноцветный и оливковый полозы, червеобразная змея, а также ядовитые кобра, щитомордник и гюрза. Три последние заслуживают уважения, внимания и крайней осторожности при встрече с ними. Об этом инспекторы заповедника напоминают чабанам и аграриям-бахчеводам.

Сотрудники заповедника неоднократно отмечали присутствие взрослых особей варана около вольера участка Новрек-Чешме, на территории заказника Мане-Чаче.

Проводится мониторинговая работа по обнаружению варана, который предпочитает проживать в горах. Если таковые места будут обнаружены вне природоохранной зоны, то около троп, речек и дорог будут выставлены знаки с просьбой не беспокоить рептилию при встрече, соблюдать осторожность.

На фотоловушках в горах Душакэрекдаге, в ущельях Грот и Сыязавебыла зафиксирована гюрза, которая входит в четвёрку опасных рептилий Туркменистана, и человеку их стоит сторониться ввиду непредсказуемой линии поведения и высокой токсичности яда.

Видовое разнообразие пресмыкающихся Туркменистана глубоко изучено учёными-герпетологами Сахетом Шаммаковым, Чары Атаевым. Продолжают его изучать кандидаты биологических наук Ким Хайдаров, Эджебай Коканова. Им помогают в научной работе ученики, герпетологи, научные сотрудники НИПРЖМ Александр Шестопал и Олеся Геокбатырова - оказывают помощь в сборе материала и определении видовой классификации, принимают участие в тематических научных экспедициях, в том числе совместно с экологами заповедника, отмечает А. Потаева.