Структура
В составе института имеются научные отделы: Селекции хлопчатника; Семеноводства хлопчатника; Сортоиспытания и агротехники хлопчатника;
В подчинении института имеются научные центры расположенные в велаятах: Научно-семеноводческий центр в городе Иолотань Марыйского велаята; Научно-семеноводческий центр им. С.А. Ниязова Иолотанского этраба Марыйского велаята; Научно-семеноводческий центр Гарагум Байрамалийского этраба Марыйского велаята; Научно-семеноводческий центр Сакарского этраба Лебапского велаята; Научно-семеноводческий центр Акдепинского этраба Дашогузского велаята;
Основные научные направления института:
Изучение частной генетики хлопчатника в целях использования их в селекционной работе; Селекция урожайных, скороспелых, с высоким качеством и выходом волокна новых сортов хлопчатника и внедрение их в производство. Изучение вопросов семеноводства в целях усовершенствования методов производства семян элиты внедренных в производство сортов хлопчатника. Изучение отзывчивости новых сортов хлопчатника к минеральным удобрениям.